Pour la saison 98-99, l'OM visait alors clairement le titre, avec un nouveau recrutement de premier plan (Maurice, Blondeau, Luccin, Gourvennec, ...). Cette année sera marquée par le duel à distance entre l'OM et les Girondins de Bordeaux et leur nouvel entraîneur, Elie Baup. Mais Marseille ne su tirer profit des rencontres face à son rival (défaite à Bordeaux 4-1 et 2-2 au Vélodrome), et ce dernier, surtout grâce à son quatuor Micoud – Benarbia – Wiltord – Laslandes remporta le titre à la dernière journée que beaucoup de supporters de l'OM auront du mal à oublier. Marseille se déplaçait à Nantes alors que Bordeaux jouait au PSG. Il suffisait à l'OM de l'emporter à condition que les girondins ne fassent de même pour gagner ce titre tant espéré. Mais Feindouno inscrivit le but le plus important de sa carrière face à un Bernard Lama médusé, le tout à la dernière minute des arrêts de jeu alors que de son coté l'OM menait tranquillement 1-0 grâce à Pires. Certain y verront un complot, d'autres une incompétence du PSG à battre un adversaire alors bien plus fort.

Pour l'année du centenaire, on rêvait d'un titre. Si au niveau national on fut d'un cheveu de le remporter, au niveau européen, ce fut également très près du but. Après une campagne UEFA rondement menée (Olomouc, Werder de Breme, Celta Vigo, Bologne), l'équipe de Parme menée par un fameux duo argentin, Veron – Crespo, annihila les espoirs marseillais, avec un score net et sans appel, 3-0.

Après la saison 98/99, on s'attendait à revoir Marseille de nouveaux jouer les premiers rôles en championnat. Mais ce fut loin d'être le cas. Notamment à cause d'une campagne de recrutement qui avait pour but de rajeunir un effectif marseillais très expérimenté. Ainsi, le pouvoir fut donné aux jeunes Dalmat, Luccin ou encore Gallas, mais la pierre angulaire de l'équipe, Laurent Blanc quitta l'OM pour l'Inter de Milan suite à une brouille avec Courbis. L'effectif alors très friable mentalement, n'avait aucune ressource morale pour résister à la pression. Le championnat fut chaotique. Courbis n'y résistera pas et cédera sa place à la mi-championnat. Le mercato fut calamiteux (départ de Dugarry, Dalmat, Ravanelli, arrivée de Pouget, Leroy, Cyprien et Dumas). La seconde partie du championnat ne fut guerre mieux, et finalement, grâce à son Ivoirien tant décrié Bakayoko, l'OM se sauva lors de l'ultime journée en arrachant le nul à Sedan, 2-2.

La campagne en ligue des champions fut également très moyenne avec malgré tout, quelques coups d'éclats face à Manchester United ou Chelsea.

Les conséquences de cette terrible saison ne se firent pas attendre avec la fuite des meilleurs joueurs.

Vint alors une nouvelle équipe dirigeante (toujours choisie par l'argentier du club, Robert Louis Dreyfus) qui mit en place un nouvel entraîneur, Abel Braga. Celui-ci installa un OM poussif, et peu efficace, surtout peu aidé par ses deux recrues brésiliennes, Adriano et Marcelinho.

Braga ne tenu pas longtemps et fut remplacé très vite par le souriant Clemente qui ne fit pas mieux à son tour, l'OM ne se sauvant une nouvelle fois que sur la fin.

Un mieux fût ressentit lors de lasaison 2001/2002, avec la nouvelle ère Tapie alors rappelé par Robert Louis Dreyfus pour remettre à flot un navire qu'il connu si bien autrefois. Une 9ème place fut décrochée; mieux que les deux années précédentes certes, mais l'ère Tapie fut rompue, car une nouvelle fois, sa gestion du club s'avéra catastrophique. Chamboulement d'effectif, recrutement plus que moyen (Tuzzio, Delfim, Jurietti, Fernandes, Dill), création du risible Loft des joueurs indésirables, valse d'entraîneurs (Ivic, Anigo, Skoblar, Galtier – Ivic), bagarres internes (Dubiton, Anigo), bagarres externes (Praud), des joueurs qui arrivent un jour et qui repartent 3 jours plus tard dans un autre club (Dill), un nouveau chamboulement d'effectif au mercato (Chapuis, Sakho, Olembe, Torrisi, Dimas, Alfonso, Rivera, W.Dalmat). J'en passe des vertes et des pas mûres.

La saison 2002/2003 sera celle du renouveau, avec une nouvelle équipe dirigeante, bien choisie, en la personne d'Alain Perrin, ancien entraîneur de Troyes et Christophe Bouchet nouveau président... En effet, Marseille trouva cette année une sérénité et une solidité sans failles, à défaut d'un beau jeu; grâce à des joueurs clés comme Leboeuf, Van Buyten ou Dos Santos mais également à l'abnégation de garçons généreux comme Chapuis, Sakho, Celestini ou Johansen.

Marseille sera champion d'automne cette année et finira 3eme derrière Lyon et Monaco et se qualifiera pour la Ligue des Champions. Un grand coup de chapeau à tout le monde, tant il fut difficile de passer après la tornade Tapie et ses conséquences (effectif trop important, gros contrats)